マンガがあればいーのだ。 先生・・・コラボが見たいです。(ゴルゴ３１より)

アメコミなんかだとクロスオーバーって結構ある印象があるんですがねー。DCコミックスvsマーベルコミックスとか。
日本だとゲームで盛んでしょうか。「マーベルvsカプコン」とか、バンプレストのコンパチヒーローシリーズ(スパロボ含む)あたり。TCGの「Rumbling Angel」や「リセ」も。
エロゲはメーカー間の繋がりが結構ある*1ので、意外とその辺のクロスオーバーはやり易いのかも(「クイズ埼玉連合」とかね)。

*1:複数ブランドを抱えるVisualArt’sやちよれん（サーカス含む）、数多くのパートナーブランドをもつ戯画、ニトロプラスとホビボックス系メーカーなど